Para cerrar un menu pop up al desplazarnos a un link ancla o anchor link, es decir moviendonos dentro de la misma pagina, debemos agregar el HTML Widget de Elementor, dentro del pop donde tenemos nuestro menus, botones, iconos sociales, etc, y pegar el siguiente codigo:
<script>
jQuery(function($){
$(document).on('click','.elementor-location-popup a', function(event){
elementorProFrontend.modules.popup.closePopup( {}, event);
});
});
</script>
Listo. Es solo agregar esto y el pop procederá a cerrarse al seleccionar los elementos que sean un anchor link o un ancla.
A veces el pop up puede hacer un "back to top", para esto debemos desclikear dentro de la configuracion del pop up la opcion "Accessible navigation". Y listo.